五、农村合作医疗基金管理水平有待提高。现行的新农合基金管理模式主要有独立管理模式、银行（信用社）管理模式和保险公司参与模式三种。大部分试点地区采取的是“小而全”的独立管理模式，即各地区建立一套完整独立的、自上而下的管理系统，并配合一整套软、硬件措施。这样做虽然相对简单，但是它造成了条块分割、自成体系、相互不能兼容的局面，成为各级地方财政的沉重包袱。尤其是在经济欠发达的中西部地区，这种浪费的负面影响是相当大的。部分地区采用了在银行（信用社）设置基金帐户，做到专户储存、专帐管理、专款专用。虽然这样充分利用了银行庞大的业务网络，在收入和支出两个环节降低了管理成本，但是银行（信用社）的介入只是部分的，介入层次也很低，并不能真正提高新农合基金的管理和使用效率。少部分地区在新农合基金的管理中引入了保险公司。虽然保险业参与有利于控制新农合的运行风险，有利于节约政府成本，但是保险公司面临的最大问题就是对医疗机构的管控力度偏弱，对医疗费用上涨的控制还不够，而且引入保险公司又增加了保险公司与政府有关部门、医疗机构和参合农户的协调难度。

　　六、农村医疗救助制度和农村合作医疗制度未有机地结合。医疗救助制度是由政府统筹协调，民政部门组织实施，卫生、财政部门配合，对患大病农村五保户和贫困农民家庭的医疗费用按一定标准给予适当补助，以缓解其因病致病的一种制度。虽然医疗救助和新农合都是为了共同解决农民看病就医问题，但二者各有一套独立的筹资渠道、主管部门和工作对象。医疗救助资金主要来源于中央和地方预算、福利彩票的销售和社会捐助等，新农合资金则是由中央、地方和农户个人各负担1/3。医疗救助制度的运行依靠各地民政部门建立的管理机构，而新农合工作的开展则依赖于政府指导建立的单独的组织协调机构和经办、监管机构。总之，医疗救助和新农合在农村地区是完全割裂运行的，二者在机构设立、人员配备上存在大量的重叠，导致财政支出的巨大浪费。

　　七、农村基层医疗机构服务水平低。在全国大部分省市基本上都实现了乡镇有卫生院，村村有卫生室，但是由于医疗设备条件差，医务人员素质低，并不能满足参合农民的医疗需求。以安徽省16个“新农合”试点县为例，尽管在乡镇卫生院就医可比乡外就医多报销20%的医疗费用，但由于乡镇卫生院服务水平太低，60%的农户不得不选择在费用更高的县及县以上的大医院就医。更为严重的是，很多农村基层医疗机构限入了“缺人才——发展缓慢——经营困难——更缺人才”的恶性循环。据四川省卫生厅统计，四川全省乡镇卫生院中无专业学历的医务人员占40%，本科、专科学历的人员仅占9.8%，乡村医生中大专学历为1%，无专业学历的为72.5%，农村医疗人才匮乏已成为阻碍“新农合”长期安全运行的重要隐患。

　　八、农村医疗机构服务监管不完善。目前，新农合医疗费用报销基本上限于公立卫生系统，并选择定点医疗单位时也没有引入竞争机构，这就保护了落后的公立卫生机构，不利于医疗机构工作效率的提高。而且有调查显示，很多医院被新农合选为定点医疗单位后，次均住院费和门诊费用上涨较快，不合理用药、不合理检查问题比较突出，农民从报销中得到的实惠被不断上升的医疗费用抵销了，在一些地区，甚至出现了医患双方共同欺骗新农合组织，骗取医疗补助的现象。