主要职责
（一）贯彻执行有关水务、海洋管理的方针、政策和法律、法规、规章；结合本区实际，研究制定具体贯彻落实意见，并组织实施。
（二）根据区域经济和社会发展的总体规划，负责编制本区水务、海洋专业规划、中长期发展规划和年度计划，并组织实施；会同有关部门制定本区水功能区划、海洋功能区划；参与制定流域防洪、水资源和海区海洋经济、资源、环境等规划。
（三）根据金山三岛自然环境、自然资源状况和保护需要，会同有关职能部门编制和完善保护区规划；按照“严格管理与适度开发相结合”的管理原则，负责日常保护及相应的管理工作，并做好基础设施和必要的辅助设施的建设。
（四）负责本区水资源的统一管理和保护；负责制定水资源中长期供求计划、水量分配和调度方案并监督实施；组织实施取水许可制度、排水许可制度和水资源费征收工作；核定水域纳污能力，提出限制排污总量建议；负责计划用水工作、节约用水工作。
（五）主管防汛、防台、排涝抗旱工作，协调防汛物资，负责区防汛指挥部的日常工作；负责全区农村水利的基本建设和协调解决镇、村级水利矛盾，协调水利物资，确保为农服务。
（六）依法实施水行政监察工作及水行政执法和协调海洋行政执法，查处违法行为；协调部门间和镇之间水事纠纷。负责协调水务、海洋突发事件的应急处理。
（七）组织编制水利工程建设项目建议书和可行性报告，负责全区水利工程建设的计划、勘察、设计、施工、管理、竣工验收工作，对水利设施的管理和监督。组织和协调城镇建设中涉及水利设施和配套工作。
（八）主管本区河道，负责本区水务工程建设和管理；组织、指导和监督水务工程设施的建设和运行管理；负责本区水务建设工程质量和安全监督管理；负责实施具有控制性的或跨区域性的重要水利工程的建设和运行管理。
（九）主管本区水文工作，组织实施水文水资源监测、水文站网建设和管理，发布水文水资源信息、水文情报预报和水资源公报。
（十）负责水利、供水、排水行业的管理，并承担相应的监管责任；研究提出有关水务的价格、财务等经济调节意见，参与对水务、海洋管理资金使用的管理。
（十一）会同市、区有关部门，管理滩涂资源，组织编制滩涂开发利用和保护的规划、年度计划并监督实施；负责全区河道整治、水土保持工作。负责全区农桥和危桥规划、建设、管理。
（十二）承担保护海洋环境的责任，组织海洋环境调查、监测、监视和评价；按照国家确定的污染物排海标准和总量控制指标，会同有关部门制定地方海洋环境保护与整治规划；负责防治海岸工程项目、海洋工程项目和海洋倾废对海洋污染损害的环境保护工作；监督管理海洋自然保护区，负责海洋生态环境保护；负责海洋环境观测预报和海洋灾害预报警报。
（十三）承担有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
（十四）承办区政府和上级部门交办的其他事项。
内设机构
根据上述主要职责，上海市金山区水务局设置8个职能科（室）：
（一）办公室
（二）组织人事科
（三）规划建设管理科
（四）计划财务科
（五）农村水利管理科
（六）水资源管理科
（七）海洋管理与安全监督科
（八）防汛科
按有关规定设置纪检（监察）机构和工会组织。
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