金华市中心医院（浙江大学金华医院）：金华市中心医院（浙江大学金华医院）建于1910年，是浙江中西部地区集医疗、科研、教学、康复、预防为一体的综合性三级甲等医院，全国医药卫生系统先进集体、全国综合医院中医药工作示范单位、全国医院感染管理工作先进单位、国家级爱婴医院、浙江省高等医学院校教学医院、浙江大学医学院硕士研究生培养基地、浙江省自然科学基金项目依托单位、浙江省文明单位，是本地区医疗、科研、教学等工作的指导中心。
金华市中医医院：金华市中医医院建院于1958年，是国家三级甲等中医医院、全国示范中医院、浙江中医药大学附属医院、浙江省首批“名院”建设单位。拥有浙江省中医药继续教育基地3个，是一家集医疗、科研、教学、康复、保健于一体，中医特色浓厚的综合性中医医院。
金华市第二医院：金华市第二医院（原金华地区精神病院）创建于1958年，是集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的三级乙等精神病专科医院，医院设有精神科、心理科、老年科三大临床学科，其中精神科和老年科是金华市重点学科。医院开放床位700张，是浙江中西部精神卫生和心理卫生中心。
金华市第五医院：金华市第五医院（原金华铁路医院）创建于1982年（2003年划归地方管辖），是具有较强专科特色，集医疗、教学、科研、康复、预防为一体的二级乙等综合性医院。医院设有内、外、妇、儿、皮肤、口腔、眼耳鼻咽喉、康复等临床学科，其中皮肤科为金华市重点学科，在浙江中西部地区具有较大知名度。
金华市疾病预防控制中心：金华市疾病预防控制中心的前身是金华市卫生防疫站，创建于1963年。该中心的主要任务是开展疾病预防与控制、应急预警与处置、疫情收集与报告、卫生监测检验与评价、健康教育与促进、应用研究与指导、技术管理与服务等，是全市疾病预防控制工作的业务技术指导中心，温州医学院、浙江省医学高等专科学校的教学实习基地。
金华市会计核算卫生分中心：金华市会计核算卫生分中心于2001年挂牌成立，是金华市卫生局下属的全额事业单位，主要承担市直及开发区除实行财务总监委派制以外的医疗卫生单位、学（协）会的资金集中支付及会计集中核算，同时协助市卫生局加强对下属单位的财务管理和内部审计工作，帮助各核算单位建立健全各项规章制度，提高各核算单位的财务管理水平。
