上海医药工业研究院2014年硕士研究生招考参考书目已发布，内容如下：
100701药物化学(001化学制药部、009 上海市抗感染药物重点实验室010化学制药新技术中心、006生物制药部)：《有机化学》，王积涛主编，南开大学[微博]出版社，2003第二版；《基础有机化学》(上、下)，邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编，“十五”国家级规划教材 高等教育出版社，2005年6月 第三版；《药物化学》，尤启东主编，化学工业出版社，2004第一版；《高等药物化学》，周伟澄主编，化学工业出版社 2006年 第一版；《分析化学》， 孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版；《有机化合物光谱解析学》，姚新生主编，人民卫生出版社
100702药剂学(003药物制剂国家工程研究中心、011上海呼吸系统药物工程技术研究中心)：《分析化学》，李发美主编，人民卫生出版社，第五版；《物理化学》，候新朴主编，高等医学院校药学类教材，人民卫生出版社；《物理化学简明教程》，印永嘉等编，高等教育出版社；《药剂学》，崔福德主编，人民卫生出版社，2003年第五版；《生物药剂学与药物动力学》，梁文权主编，人民卫生出版社，2004年第二版
100703生药学(004中药研究部)：《天然药物化学》，吴立军主编，人民卫生出版社，第五版；《分析化学》，李发美主编，人民卫生出版社，第六版；《有机化合物结构鉴定与有机波谱学》，宁永城，科学出版社，2004年第二版
100704药物分析学(005分析测试中心)：《基础有机化学》(上、下)，邢其毅、裴伟伟、徐瑞秋、 裴坚主编，“十五”国家级规划教材 高等教育出版社，2005年6月 第三版；《分析化学》， 孙毓庆，胡育筑主编，科学出版社，2006年第二版
100705微生物与生化药学(006生物制药部)：《微生物学》，沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版；《生物化学》，王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版
100706药理学(007药理评价研究中心、008国家(上海)新药安全评价研究中心、011中国医药工业信息中心)：《生物化学》，查锡良主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版； 《药理学》，杨宝峰主编，全国高等学校教材，供基础、临床、预防、口腔医学类专业用，人民卫生出版社，第7版；《毒理学基础》，王心如主编，人民卫生出版社 第五版；《管理学》，[美]斯蒂芬.P。罗宾斯等著，孙健敏等译，中国人民大学[微博]出版社，第九版，2008年12月；《医药管理学》，邱家学主编，中国医药科技出版社 2012年6月；《药事管理与法规》，主编国家食品药品监督管理局执业药师资格认证中心，中国医药科技出版社 2008年3月第1版
081703生物化工(006生物制药部)：《微生物学》，沈萍主编，高等教育出版社，2000年7月第一版；《生物化学》，王镜岩、朱圣庚等编，高等教育出版社，2002年7月第三版
