微生物专业（硕士、博士学位点071005）含微生物工程、微生物生态、环境微生物学、真菌系统学和生物学、植物发育生物学五个研究方向。
微生物工程：主要研究维生素C、多种氨基酸、有机酸，不饱和脂肪酸等产生菌的代谢、调控及工程菌的构建；研究筛选新型生物活性物质，应用现代生物技术改造传统食品、生物药物，并开展环境保护及研制新型生物农药及生物肥料等。
微生物生态学：运用分子生物学和现代生态学的观点与方法，研究污水和固体废弃物的微生物净化过程与技术；微生物新资源的开发利用；陆地生态系统温室效应气体的微生物产生机理、排放过程与调控；微生物对大气环境变化的响应及其对陆地生态系统养分转化过程的影响及调控。
环境微生物学：利用现代微生物学及分子生物学手段，开展工业污水生物净化、污染土壤/水体生物/生态修复、土壤营养物质循环、矿物资源开采、环境监测与评价等方面的微生物学理论、技术及应用研究。
真菌系统学和生物学：主要研究高等担子菌的系统学，包括分类学、分子系统学，主要林木病原真菌的遗传学和分子生物学、药用及食用真菌学。
植物发育生物学：是研究植物个体发育规律及其调控机理的学科。植物发育生物学以细胞生物学、分子生物学、基因工程、细胞工程、显微技术等一系列实验技术为支撑，其研究对象从细胞、组织、器官到个体水平等不同层次，内容涉及植物开花、传粉、受精、胚胎发育及植株形成等不同发育阶段发生和发育的细胞和分子机理。沈阳应用生态研究所2013
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