除了地区发展差距之外，当前还存在一些影响区域协调发展的深层次问题。
地区保护主义抬头，影响生产要素跨区域合理流动。在目前的经济体制条件下，各行政区域实际上成为经济发展的重要单元，政府事实上承担着本地经济发展的重要责任。正因为如此，各地方政府以“我”为主，着力强化经济发展目标，着力提高自我发展能力，着力实现比较优势最大化。在竞相加快发展的同时，必然要形成一定程度的竞争，各自追求利益最大化的结果，有可能诱发地区保护主义行为。最近，为保本地经济增长，有的地方出台“购本地货”的优惠措施，还有的提出优先保证本地居民就业等，就是比较典型的地区保护主义。
区域无序开发，影响资源的优化配置。由于国有资源分布于不同行政区域，导致这些资源事实上被行政区域化。有的地方对于存在于本区域的国有资源采取越权审批、化整为零审批等多种手段，把本应由国家统一规划开发的宝贵资源转让给不同开发主体，分割成多个资源区块，通过无序开发，从中谋利。不仅造成资源严重浪费，也导致无序竞争、重复建设和一系列环境问题。
区域协调机制不健全。特别是财税体制仍需完善，财政转移支付还需进一步规范，目前专项转移支付名目繁多，一般性转移支付规模偏小。按照形成主体功能区的要求，完善区域政策，调整经济布局，还需要在机制上进一步完善，如资源和生态补偿机制就尚未形成。
公共服务均等化差距较大。由于公共服务需要加大政府投入，一些地方政府缺少应有的财力，从而缺乏提供基本公共服务的能力。这种由经济发展程度的差别导致基本公共服务的差距，经济发展水平决定基本公共服务水平的情况，仍有进一步扩大的趋势。尤其是在中西部地区，地方平均负债水平比较高，有的地方政府连正常开支都难以为继，不可能保证基本公共服务的大规模投入。
区域合理分工尚未形成。由于长期的粗放式经济增长方式的影响，使得东部沿海部分地区过度依赖外部市场，单纯依靠廉价的劳动和土地要素维持一段时间高增长。一些地区经济的集聚已经与当地资源承载能力不相适应，造成能源、资源过度紧张，环境问题日益严峻。有的城市由于追求经济快速增长，盲目开发、滥上项目，导致无地可批、水资源枯竭、生态系统整体功能退化，生存和发展受到威胁。而中西部地区丰富的劳动力、矿产资源、土地资源以及良好的产业基础，却没有得到合理开发利用。
（二）缩小区域发展差距五策
当前，推动区域经济协调发展，首要的是缩小地区发展差距，通过政策支持、区域互动和加快提高欠发达地区自我发展能力，创造条件逐步缩小区域发展差距。
其一，加大国家政策支持力度。
按照区域总体战略和形成主体功能区要求，把各项政策落实到位。健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，赋予地方以更大的发展自主权。推进财税体制改革，完善和规范财政转移支付制度，重点支持中西部贫困落后地区加快发展。要建立完善生态环境的补偿机制，对以生态环境保护为主的“限制开发”和“禁止开发”地区，要及时补偿到位。建立和完善资源地区的利益分享机制，使这些地区能够在资源开发和生态环境保护中获得合理的回报。
其二，推进实现基本公共服务均等化。
当前，实现基本公共服务均等化，要从基础做起，国家通过加大对中西部地区基础设施投入力度、加大社会事业投入力度，加大社会保障的投入力度，使这些地区尽快补上基本公共服务方面的欠账，缩小与发达地区在基本公共服务方面的差距，这是实现均等化最起码的要求。在此基础上，对于新增公共服务投入要统筹规划，适度向中西部倾斜。
其三，发挥东部地区的带动作用，支持中西部地区加快发展。
通过产业转移、投资合作等方式，带动中西部地区产业发展。加强政策引导，推进东部沿海地区加工贸易企业向中西部定向转移，以产业园区为依托，促进节约土地，集约发展。引导加工贸易企业延长产业链条，鼓励就地解决料件，利用当地资源进行深加工。同时，中西部地区要大力发展中小企业，在增强配套能力的同时，增加吸收就业能力。
其四，鼓励全民创业，提高欠发达地区自我发展能力。
从不同地区的发展来看，发达与落后可能会有许多原因，但创业是其中最重要的原因。一些地方之所以长期发展不起来，从外部条件说，可能是资源禀赋差、投入不足；从内在条件来说，主要还是缺乏创业环境，民众参与创业程度不充分、个人创业本领短缺、创业能力不足。相反，一些发达地区经济加快发展、整体富裕程度提高，恰恰是全民创业的结果。发展源于创业，只有让创造财富的源泉充分涌流，使创业活动得到充分的保证，经济才能蓬勃发展，社会才能和谐进步。
为此，要实施更加积极的创业政策，首先，建立创业支持制度。通过风险投资、创业援助、贷款担保等，完善支持创业的政策体系。其次，要加大对创业的投入力度，特别是在创业能力培训上，要增加财政支出比重。由政府主导、社会协同，全面提高创业者的创业能力。第三，要实施鼓励创业的政策，对于创业活动给予税收优惠和一定的补贴与奖励。第四，要支持中小企业发展，为全民创业提供平台。
（三）进一步增强区域发展的协调性
我国已经进入推动区域协调发展的重要阶段，就是要从过去优势地区优先发展，转变为全面协调可持续发展。为此，要按科学发展观的要求，在实现经济又好又快发展的同时，促进加快形成城乡、区域协调互动发展的格局。
