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研究生学院成立于2003年10月，前身是1997年3月成立的研究生部。2003年12月成立学院党总支。研究生学院既是我校主管学位与研究生教育工作的部门，又是研究生管理的学院，具有双重职能。我校研究生管理实行“校-院-学科”三级、分段管理模式，研究生第一学年的公共必修课教学、思想政治教育、党团组织活动等由研究生学院及党总支负责，各院（系、所）、学科及导师给予有效配合。后期培养（第二学年开始）由研究生所在院（系、所）、学科及导师负责管理，研究生学院给予必要的指导、检查和协调。目前，研究生学院设有招生办公室、培养办公室、年级办公室、就业办公室、总支办公室、学院办公室等科室，学院现有职工10人。
安徽医科大学1956年经卫生部、教育部批准开始招收研究生。1990年经国务院学位委员会批准为博士学位授权单位，成为第一个具有博士学位授予权的省属高校。1996年经国务院学位委员会批准获准开展在职人员申请硕士学位工作。1998年经教育部批准，可以招生港澳台研究生。现拥有临床医学、药学2个博士学位授权一级学科点，共26个博士学位授权学科点，有10个硕士学位授权一级学科点，72个硕士学位授权学科点，设有临床医学、药学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站，具有临床医学博士、临床医学硕士、公共卫生硕士、口腔医学硕士、药学硕士和中药学硕士六个类别专业学位授予权。截至2012年上半年，在校统招博士生179人、统招硕士生2728人。另有港澳台自费兼读制研究生73人，在职攻读硕士专业学位研究生127人。共有博士生导师152人、硕士生导师近1300人。
“十一五”期间，我校进一步加强学科、学位点建设，导师队伍建设，研究生教育管理等各个方面工作；进一步协调研究生教育规模、结构、质量、效益提高之间的关系，坚持“以人为本”，全面提高研究生培养质量，积极引导全体研究生、研究生导师及管理人员广泛地参与研究生教育改革与发展的各个领域，学位与研究生教育事业快速发展。学科学位点建设硕果累累，导师队伍日益壮大。研究生招生规模稳步扩大，生源质量不断提高。二级招生培养单位由11个增加到40个，其中非直属培养单位由1个增加到27个，分布在北京、上海、江苏、广东、福建和新疆等全国6个省（直辖市、自治区）以及省内7市。
“十一五”期间，我校研究生2006年、2008年、2010年连续三年获全国挑战杯创业计划大赛安徽省金奖，全国铜奖，2008级博士朱坤举获全国自强之星提名，获全国优秀博士学位论文提名3篇，省优秀博士学位论文1篇，省优秀硕士学位论文24篇。毕业博士平均每人发表SCI文章大于2篇。毕业硕士发表SCI论文亦逐年增多，2011年，达49篇，占学位授予总量的近7%。
2012年，我校参与研究生招生、培养的二级培养单位达51个，其中直属培养单位14个、非直属培养单位37个。根据安徽省考试院规划及文件通知，我校从2013招生年度起设置硕士研究生报考点。我校按照满足3000名考生报考的规模筹建报考点。目前，报考点相关建设及筹备工作正在有序推进。根据学校“十二五”规划，到“十二五”末，我校在学研究生总数将达到4000人以上，其中博士研究生400人左右。
展望“十二五”，研究生学院将在校党委和行政的正确领导下，树立科学发展观，围绕学校“建设高水平教学研究型医科大学”的目标，按照学校“十二五”发展规划要求，统筹协调规模、结构、质量与效益，在稳步扩大规模的同时，重点强调内涵建设和质量提升，努力推动研究生教育工作再上新台阶。
