香港科技大学本科课程采用学分制设计，一般为三年全日制学士学位课程。由于香港与內地在教育制度方面的差异，內地同学需要修读一个全日制120学分课程（注），修读年期为四年，首年主要为基础课。四年课程均在香港校园上课。同学完成课程并累积所需学分可获颁授学士学位（设荣誉等级）。 

基础课包括英语、数学及其它相关强化科目，同学亦可按个人学习能力，向所属学院申请选修学位课程科目。此外，通过首学期的迎新及个人成长学习系列，同学可以了解大学教育目的，掌握学习、思考和自我管理方法。学习系列还包括不同活动，让学生扩阔社交圈子，认识香港社会及文化。

学分制的灵活设计，让同学可按个人兴趣、能力及时间，修读双主修及/或副修课程。 本科课程提供以下副修课程：

• 生物化学／生物学／化学／ 物理学／数学
• 生物工程学／资讯科技／科技管理 
• 工程管理与法律学／环境持续发展与管理学 
• 通识研究 
• 中国研究／人文学／社会科学 

关于各本科课程的介绍，请参阅以下网页：

• 理学院
• 工学院
• 工商管理学院
• 人文社会科学学院（环球中国研究：人文及社会科学）
• 跨学科课程
• 院系联合课程

注：科技及管理学双学位课程学分总数约160-180分，修读年期为五年，首年主要为基础课。