学院创建于1958年7月，是安徽省省属普通高等医学本科院校和国家首批具有学士和硕士学位授予权的院校。2004年学院在校研究生和本科生近万名。 
　　近五十年来，学院一直坚持社会主义办学方向，认真贯彻执行党的路线、方针、政策，积极转变教育观念，主动适应社会需求，不断深化教学改革，办学质量和办学效益稳步提高。现已形成了临床医学、医学检验学、护理学、医学影像学、药学、预防医学、生物科学等专业共同发展的新格局，一批学科专业已成为省级教改示范专业、省级基础课实验教学示范中心和省级重点建设课程；免疫学、病原生物学、药理学、病理学与病理生理学、临床检验诊断学、肿瘤学、内科学、外科学、儿科学、人体解剖与组织胚胎学等学科30个专业招收硕士学位研究生。建院至今，为国家培养了近二万名医学专门人才；许多毕业生成为学科带头人和技术骨干，为祖国的医学卫生事业做出了突出贡献，并涌现出一大批知名专家教授，有的还成为院士和博士生导师。近年来学院毕业生受到用人单位欢迎，就业率在我省本科院校中始终名列前茅。
　　学院注重以科研促教学。科研工作突出以应用基础研究为主，重视基础研究，加强开发研究。学院拥有安徽省首批省级重点实验室“安徽省感染与免疫重点实验室（蚌埠医学院）”和6个省级重点学科、专科，包括首批省级重点学科病原生物学、第二批省级重点学科外科学（骨外），以及省卫生厅重点学科肺科、血管外科、骨科和整形外科，以此为基础形成了一批优势各异的特色学科专业。学院现有13个院级基础医学和临床医学研究室、所和研究中心。目前承担国家自然科学基金项目在内的省级及省级以上科研课题122项和包括世界卫生组织（WHO）、清华大学国家辐射专业实验室和丰原集团等多家企事业单位委托的基础医学和药学等横向课题10余项。1978年至今，学院先后获得包括3项省科学技术一等奖在内的省部级以上科学技术成果奖百余项。每年在国内外发表高水平的学术论文300余篇。有100余名教师因在科研和教学上做出突出贡献，而获得国务院、教育部和省人民政府的表彰。
　　学院注重提高办学水平，在提高教学质量上下大力气，在培养实用人才上下真功夫，近年来投入巨资改善办学条件，为保证教学、科研需要，各专业都建有中心实验室，学校建立了电子阅览室，开通使用了千兆校园计算机网，为全院教学、科研提供现代化信息保障。学院现有省级重点课程4个，省级示范专业建设项目2项，11项教改项目获省级教学成果奖。
　　学校注重加强国际交流，与美国马里兰大学护理学院建立了姊妹学校关系，与美中商学院联合开展“美诚国际护师培训项目”、与美国华美协进会、法国里昂中法学院等大学和学术团体建立了友好合作关系，邀请留学学者和国内知名专家来我院讲学并进行学术交流。并派出教师赴美、法、英、德、日、荷等国研修学习。
　　学院现拥有三所附属医院，其中蚌埠医学院附属医院为三级甲等医院、国家级“爱婴医院”和卫生部临床药理基地，并创办了中国癌症研究基金会安徽肿瘤康复医院。
　　世纪之初，蚌埠医学院正在构建新的发展蓝图，全院上下团结一心，励精图治，秉承“团结、严谨、求是、奋进”的校训，决心打造质量第一、信誉至上的蚌医品牌，办好社会满意人民信赖的高等教育，为祖国的医药卫生事业培养更多合格的高级专门人才。投资近4亿元建设的新校区将于2005年秋投入使用，一座占地近千亩的现代化高等医学院校将以崭新的面貌屹立于皖北大地。