2003年，首批22所实行自主招生试点的高校：
　　北京大学清华大学
　　中国人民大学北京师范大学
　　中国政治大学复旦大学
　　同济大学上海交通大学
　　华东理工大学华东师范大学
　　南京大学东南大学
　　南京理工大学南京航空航天大学
　　河海大学中国药科大学
　　南京农业大学浙江大学
　　重庆大学中山大学
　　华中科技大学中国科学技术大学
　　2004年增加6所自主招生高校：
　　西安交通大学大连理工大学
　　东北大学

武汉大学
　　华中师范大学华南理工大学
　　2005年增加14所自主招生高校：
　　北京邮电大学

北京交通大学
　　

北京林业大学北京科技大学
　　天津大学南开大学
　　山东大学厦门大学
　　东北师范大学湖南大学
　　中南大学四川大学
　　电子科技大学西安电子科技大学
　　2006年增加11所自主招生高校：
　　江南大学北京化工大学
　　上海财经大学西北农林科技大学
　　武汉理工大学中国矿业大学
　　中国海洋大学北京中医药大学
　　西南交通大学中南财经政法大学
　　中国地质大学(武汉)
　　2007年增加6所自主招生高校：
　　北京理工大学中央财经大学
　　大连海事大学哈尔滨工业大学
　　兰州大学西北工业大学