2006年是山东农业大学科研工作全面丰收的一年。全年立项科研经费6,418万元，到位科研经费5,064万元。新上各级各类项目280余项，其中国家级项目88项，获得各级各类科技奖励20项，其中，获国家科技进步二等奖1项，获专利权10项，审定小麦新品种2个，玉米新品种2个；获植物新品种权1项。新上粮食精深加工、农业环境污染控制、农业生态与可持续发展3个省级工程技术研究中心，成立城乡风景园林研究院，启动了农业微生物学重点实验室和动物生物工程与疾病控制重点实验室的建设工作，生态资源与环境重点实验室论证也取得重要进展。学校将建筑面积3000平方米的印刷厂和4000平方米的招待所，改建为学校的重点实验室用房，将学校的经营资产转化为教学资产，大幅度调整压缩办公用房，提高房屋利用率，积极调整经费支出结构，大力压缩人头费和行政办公经费，为学校的创新团队与创新平台建设提供良好的物质条件保障。